ステージは、オープニングステージと4つの前半選択ステージ、中間ステージ（1ステージ）、4つの後半選択ステージ、ワイリーステージ（4ステージ）の計14ステージから構成されている。完全に前半と後半に分かれたステージ構成になっている。
アニメーション、キャラクターの声、さらにオープニング曲とエンディング曲が初めて導入された。SS版には隠しキャラが登場する。また、前作同様ネジを集めてパーツを作るシステムがあるが、入手できるネジの数が限られているため、どのアイテムを開発するかが鍵となる。
2から採用されたパスワードによるコンティニューが廃止され、シリーズ初のセーブ機能が搭載されてパスワードを入力する手間がなくなった。
宇宙から落下した謎の隕石を調査に向かったロックマン。しかし、そこにはワイリーがやって来ていた。巨大な力を秘めた悪のエネルギーを軸に、宇宙から落ちてきた謎のロボットのデューオとワイリーの野望をめぐる戦いが繰り広げられる。
DRN.001 ロックマン(Rockman)（声優：折笠愛）
DRN.002 ロール(Roll)（声優：小西寛子）
DRN.000 ブルース(Blues)（声優：置鮎龍太郎）
ライト博士(Dr. Right)（声優：飯塚昭三）
ライトット(Rightot)（声優：二又一成）
デューオ(Duo)（声優：小杉十郎太）
本作に先駆け、『ロックマン2・ザ・パワーファイターズ』で初登場した新キャラクター。中間ステージで戦うことになる。
SWN.001 フォルテ(Forte)（声優：檜山修之）
ワイリーステージ3でゴスペルと合体して戦うことになる。
Dr.ワイリー(Dr. Wily)（声優：青野武）
特殊武器有り
DWN.057 テングマン(Tenguman)（声優：長嶝高士）
元々は台風を人工的に作り出す実験用ロボット。かなりの自信家で、いつも皆を高い所から見下ろしていて見た目と同じく性格も天狗である。孤独を愛し、世間の柵が苦手。空気を読める能力がある。強力な竜巻を作り出す特殊武器「トルネードホールド」と、小型竜巻のカミカゼが武器。また、高速移動を生かした体当たりも強力。気象用実験ロボットなのに寒いのは嫌い。彼の居場所はマップでは日本にあたる。
トルネードホールド - 消費エネルギー(5/2)
小型の竜巻を起こす装置を発射する。ロックマン自身が竜巻の中に入ることで上昇する事ができる。敵を竜巻に触れさせることで攻撃も可能。
DWN.058 アストロマン(Astroman)（声優：二又一成）
異次元を使ってプラネタリウムを見せるためのロボットをDr.ワイリーが戦闘用に改造した。無重力装置で空中に浮かんでいる。恥ずかしがりやで、すぐどこかに隠れる。それを追跡されると怖がる。かくれんぼの世界チャンピオン。画面全体に隕石を降らせる特殊武器「アストロクラッシュ」と2つのビット（このビットからエネルギー弾を発射できる）が武器。但しアストロマンのアストロクラッシュは自分の真下に隙がある。イギリスにいる。流れ星を祈る。
アストロクラッシュ - 消費エネルギー(10)
画面全体に巨大な隕石群を降らす。発動中は無敵。エネルギー消費は大きいが、その威力、効果範囲は絶大。
DWN.059 ソードマン(Swordman)（声優：高木渉）
Dr.ワイリーが博物館から盗んできた大昔の剣を使いこなすために造り上げたロボット。鮮やかな切れ味と居合い切り、兜割りなどの剣技を持っている。しかし、剣が大きすぎて動きのバランスがとれないので、腰の辺りを切り離し上半身が浮いている。特殊武器「フレイムソード」は剣に炎を纏わせて敵を切り裂く。上半身を分離させての回転斬り「ファイヤースラッシュ」が得意技。また、自分の周りに強力なバリアを張り巡らせることもあるが、このときは移動しない。正々堂々とした勝負を好む。
デザインを募集されたボスの一体で上半身の浮遊、片腕が巨大な剣である事はすでに決定していた。
応募されたアイデアでは、「エインシェントマン」という名前で、武器は「ガーディアンブレード」と書かれていた。
フレイムソード - 消費エネルギー(5/4)
炎エネルギーを収束させて作り出した剣を振るう。射程は短いが、ロックマンの苦手とする接近戦ではその真価を発揮する。また、一部の地形に特別な効果を及ぼす。
DWN.060 クラウンマン(Clownman)（声優：坂本千夏）
ピエロ型のロボット。身体が小さく、身のこなしが軽い。異常に長い腕を持つが、その長い腕が災難を招く事も。空中ブランコが得意でスポーツ万能。その長い腕で体を回転させ、体当たりすることもある。敵に電流を流す長い腕「サンダークロー」が特殊武器。全身を電気エネルギーで包んではね回る、サンダーカーニバルも得意。性格は悪ガキそのもので、ロックマンを弱いと決め付け、馬鹿にしている。嫌いなものは数え切れないほど多い。
腕が長いボスとしてデザインが募集された。エンディングで見られるモデルであると思しきイラストはかなりリアル（死神のような仮面をつけている）。その時の名前は「ピエロマン」だった。
サンダークロー - 消費エネルギー(5/4)
高圧電流をロープ状に束ねて発射する。攻撃は中距離ほど進んだところでロックマンの手に返る。攻撃のほか、フックに引っ掛けることでぶら下がる事が可能。
DWN.061 サーチマン(Searchman)（声優：長嶝高士）
警備用監視ロボットを改造し、頭を二つにして広範囲を索敵対象としたロボット。二人が力を合わせて戦うことを想定していたらしいが、戦闘以外では仲が悪く、お互いを監視しあっている。どうやら上司と部下の関係であるらしい。追尾ミサイルである特殊武器「ホーミングスナイパー」を始めとして、様々なミサイルを装備している。大量のミサイルを乱射して弾幕を張る「デッドリーストーム」も強力。ほか、壁に反射して高速で飛びまわる棘付き円盤のようなものも放つことがある。
頭部が2つ有り、片腕が何らかの武器という形でデザイン募集された。採用時の名前は「バルカンマン」。
ホーミングスナイパー - 消費エネルギー(5/4)
敵を追跡する誘導ミサイルを発射する。チャージが可能であり、チャージ版はより多くのミサイルを一度に発射する。
DWN.062 フロストマン(Frostman)（声優：高木渉）
クラウンマンに使うはずの部品が予想以上に余ったため、使い回しをした結果巨大なボディになってしまったロボット。しかし、それでも本人は大きな体を自慢としているが、オイルの巡りが悪い。ロックマンを氷づけにして、カキ氷にして食べる事が夢らしい。氷砂糖が好物。地形に沿って波状に進む氷の刃「アイスウェーブ」が特殊武器。部屋の上部に多くの氷の塊があり、それを落下させたり飛ばして攻撃することもある。巨体に似合わず、ジャンプによる移動も得意だが、動きはあまり素早くはない。
応募時の名前は「イエティマン」。特殊能力は「ブリザードシールド」。体躯が巨大になった以外は、デザインはほとんどそのまま、採用となっている。
アイスウェーブ - 消費エネルギー(2/5)
地形に沿って進む氷の刃を放つ。敵によっては、当たった敵を凍りつかせて動きを封じられる。
DWN.063 グレネードマン(Grenademan)（声優：二又一成）
手榴弾型のロボット。大胆な行動の持ち主。破壊することに喜びを感じ、暇さえあれば何かを破壊している。相手が自分の爆弾で苦しむ姿を見るのも好きだが、逆に自分がやられても喜ぶ妙なロボット。攻撃用に強化された照明弾「フラッシュボム」が特殊武器。そのほか体当たりや3つの手榴弾を投げつけてくることもある。体力が少なくなると「クレイジーデストロイヤー」で床を爆破し、段差のある地形で戦うことになる。
応募時の名前は「エクスプロードマン」。特殊能力は「エクスプロードボム」。
フラッシュボム - 消費エネルギー(8/5)
十分な破壊力を備えた照明弾を撃つ。敵や地形に触れると小範囲に攻撃力を持つ爆風を起こす。爆風は長時間続く。照明弾なので暗いところでも重宝する。
DWN.064 アクアマン(Aquaman)（声優：坂本千夏）
元々は水道局で、水質管理などをしていたロボット。腹のタンクを利用して、水を操る。自称「水も滴るいい男」だが、水太りしている。下品で冗談好きな性格の持ち主。特殊水風船である特殊武器「ウォーターバルーン」や、高度水圧砲の「ウォーターキャノン」を放つ。大ジャンプの後、着地すると、部屋の下から水が噴き上がるなど、結構多彩な技を持つ。
応募時の名前は「バイオマン」だったが、超電子バイオマンとは無関係。特殊武器は「バイオリキッド」で、『金属を溶かし、コンピュータの内部に侵入して、機能を狂わせる効果のある酸液を貯えてある』、というアイデアだった。『液で自身が溶けない様に、と精密に造られたので、知能的なロボット』というバイオマンの性格は、アクアマンとは対照的であった。
ウォーターバルーン - 消費エネルギー(7/8)
特殊液の入った水風船弾を発射する。攻撃のほか、一部の仕掛けに効果を及ぼす事ができる。
特殊武器無し
隠しボス
いずれもサターン版のみに登場する。
DRN.003 カットマン（声優：?）
『ロックマン』からの復活ボスで、中間ステージの隠し部屋で戦うことになる。語尾に「チョキ」と付けて話す。
DWN.016 ウッドマン（声優：?）
『ロックマン2』からの復活ボスで、サーチマンステージの中間地点に現れて戦うこととなる。「どすこーい！」や「ごっちゃんです！」など、相撲取りのような言葉を話す。
また、リーフシールドが4枚から8枚に増えている。
その他
ヤドカルゴ
オープニングステージのボス。ワイリーが秘密基地の警備用に配置した戦闘メカ。長い間待機していたため、殻の部分には鳥の巣やコケがくっついている。
アテテミーノ
ワイリーステージ1のボス。ワイリー基地の入り口を守る、ミノムシ型ロボット。イタズラ好きな性格で、よく人間を驚かしている。
ブリキング
ワイリーステージ2のボス。ワイリーの全精力が注がれた、強力な戦闘機型ロボット。しかし緊急に出撃したため、塗装がされていない。シューティングシーンでの戦闘となる。
グリーンデビル
ワイリーステージ3のボス。イエローデビルの改良型。ボディは厚いゼリー状の物質で構成されており、目玉型のコアに埋め込まれたチップがそれを操る。ゼリー自体にも様々な攻撃プログラムが内蔵されており、分裂以外にも様々な形状に変化して襲い掛かる。
ワイリーマシーン8号
最終ステージのボス。基本に立ち返り、飛行船型として進化した、対ロックマン戦用兵器。登場時はダークキャノンを装備した第1形態で出現するが、それがデューオの犠牲で破壊されるため、戦闘は第2形態から始まる。口中に強力なレーザー砲を装備し、左右にはリング状のビーム兵器を搭載している。本体が破壊されても、脱出機能としてワイリーカプセルグレートが起動する。
ぺぱーみ メンメン ソング バンブ チミン シーザー キックサニ カエデ キンロバイ ナンバー マリンバ ディー ハードコア トース ジョーク タンブラ ナイアガ ラック セリン ブラック セルラ オルガ マスト ピタヤ ビンテー センシ ワサビ えんおう キセル ニューマ ふきのとう ブルーマ シェイ プランター 暮し百科 ザック エンド マート ニューロン ダーシズン 雪しぐれ ガボン ぴってろ ミケー デソ プデ レーナー レット ピーコック トレーサ
サポートアイテム
ロックボール - 最初から所持 - 消費エネルギー(2)
ライト博士お手製の武器。弾自体を敵にぶつけることで攻撃できる。蹴ったりドリブルをしたりして運ぶ事ができるほか、上から踏むことでハイジャンプをする事ができる。置いておくだけでも時限爆弾として使える。空中で出し、空中で踏む事を繰り返せば、空中連続ジャンプも可能。
ラッシュバイク - 特定の中ボスを倒す - 消費エネルギー(-)
ラッシュが変形するバイクに乗り、エネルギーが切れるまで高速で移動できる。乗っている間はダメージを受けず、ジャンプ力も倍増するが、3連射できるミサイルでしか攻撃できなくなり、敵に当たるとラッシュのエネルギーが大幅に減る。乗り降りは自由だが、その間もエネルギーは減り続ける。トゲの上は走れない。
ラッシュクエスチョン - 特定の中ボスを倒す - 消費エネルギー(-)
ラッシュを呼び出す。アイテム（エネルギー全回復の弥七もを含む）を持ってくることもあるが、砂嵐の映るホログラムを出す、その場で眠るなど無意味な行動をすることもある。
ラッシュボンバー - 特定の中ボスを倒す - 消費エネルギー(-)
ラッシュジェットが飛んできて、一定時間上空から爆弾を落として援護する。
ラッシュチャージャー - 特定の中ボスを倒す - 消費エネルギー(-)
ラッシュジェットが飛んできて、一定時間上空から回復アイテムをたくさん落とす。